灯笼椒的生长期长，但根系不发达，根量少，入土浅，不耐旱也不耐涝。它的需肥量大于番茄和茄子，而且耐肥能力强。
（1）苗肥：由于灯笼椒育苗期较长，因此，要求选择腐殖质含量高、结构良好的土壤作育苗床上。育苗期营养充足时，一般不再追肥，如果幼苗生长缓慢，叶片狭小，茎秆瘦弱时，可在定植前15-20天随水追施少许尿素，促进幼苗健壮生长。苗床管理上应注意控制温度，以利于秧苗发育。
（2）基肥：灯笼椒由于生长期长，根系较弱，为了定植后及时促进幼苗生长和后期植株多坐果，用充足的有机肥作基肥是不可缺少的。作基肥篱用的有面肥应该是质优而腐熟程度好的厩肥，而且用量要大，一般要求在春季土壤翻耕前先每公顷铺施45000-52500千克，然后翻耕耙平；待作畦前，再铺施15000-22500千克有面肥，然后耙平定植。这样分层施用有机肥，对促进秧苗生长和满足后期对养分的需要大有好处，从而为灯笼椒丰收打好基础。
（3）追肥：一般需进行3次追肥。次追肥在缓苗后进行，在植株附近开沟追肥，将优质有机肥料施于沟中，然后覆土，这时适当控制浇水，以便蹲苗，促进根系发育；第二次追肥在盛果期进行，在层果实（门椒）采收前，第二层果实（对椒）和第三次果实（四斗）继续膨大及第四层果实正在谢花坐果时，是需肥的高峰时期，而在华北地区，此时正值雨季，容易发生“沤根”和落叶，因此，这一时期应加强营养，注意排水，才能中后期的产量。